对财务报表进行分析，有助于我们全面地把握公司的财务情况和评估决策绩效，但是也应清醒地认识到财务报表分析的局限性：
首先，企业的资产以及利润表中的产品销售成本是按资产或存货获得时所支付的金额记录的，因此资产和销售成本不是按资产或存货现行价值反映的。在通货膨胀的情况下，有可能引起资产报酬率或权益报酬率的高估。另外，历史成本的原则还导致同业新老企业比较的困难。
其次，会计方法选择和会计估计的普遍存在。会计准则和制度中常常允许对相同的业务采取多个可选择的方法之一，即使对同类固定资产都采用直线法折旧，不同企业对资产的使用年限、使用年限未能够在市场上可变卖的价值（残值）的估计也可能是不一样的。克服这些问题的方法有：其一，在企业集团内部的绩效考核之前，应该按行业统一企业会计制度，尽可能地减少或甚至禁止对同一类经济业务的不同会计处理方法。其二，作为分析人员，应采用一些剔除由于会计政策不一致对财务指标的影响。
另外，财务指标也具有局限性。企业的内部控制程序是否有效以及企业作为组织的创新和学习能力怎样等是财务指标所不能反映或不能完全反映的，必须借助于其他的非财务指标，甚至是难以量化的指标来考核。